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你问我答 | MegaBOLT生信分析加速器

发布时间:2025.01.16

作者:华大智造

浏览量:53

《你问我答》栏目搜集了华大智造客户的常问问题,并为大家整理出了不同产品的FAQ,后续将陆续发布,帮助您更好地使用我们的产品。

更多MegaBOLT相关问题,欢迎前往智能客服(点击网页右侧客服图标即可进入)提问。


Q1:MegaBOLT生信分析加速器是怎样的产品?

MegaBOLT生信分析加速器系列产品(包括MegaBOLT、ZBOLT、ZBOLT Pro),是华大智造自研专注于高通量测序领域的生物信息分析硬件加速系统。

支持胚系突变(Germline)与体细胞突变(Somatic)的全基因组(WGS)、全外显子组(WES)、Panel靶向测序数据,较经典算法提速百倍。

产品集成ZMART生信应用市场,支持超过百款增值应用,可灵活配置更多拓展功能应用。MegaBOLT快速、集成、易用、经济,可大幅降低计算费用,省时省心,助力您的业务高效开展。

产品主要有桌面工作站及机架式服务器两种,适应各种规模场地的多种场景需求:实验室、医院、研究院所、公司企业。


Q2:MegaBOLT有哪些使用场景?

机架服务器版适用于拥计算集群的用户,通常是有大量计算任务的场景,如测序工厂、科研中心、商业公司;而工作站版则适用于一站式场景,例如医院或实验室。


Q3:MegaBOLT可以为我带来什么收益?

极大缩短分析时间,WGS(30X)分析时间可以缩短到1/38,WES(100X)分析时间可以缩短到1/42,这可以减少计算资源的压力,安装更少的服务器。


Q4:MegaBOLT支持Reads的长度范围是多少?支持单端(Single-end)测序的Reads吗?支持不等长Reads吗?

MegaBOLT支持Reads长度范围为25bp~1000bp,具体来说MegaBOLT软件中的BWA支持到250bp,Minimap2支持到1000bp,支持单端测序的Reads,支持不等长Reads。


Q5:MegaBOLT是否支持动植物等非人类物种?

MegaBOLT支持非人物种,默认支持最大物种8Gbp,再大需要设置其他参数,如“--mm2-param “-I 16G””。


Q6:多个任务能在MegaBOLT机器上同时运行吗?

可以,MegaBOLT通过任务调度系统管理多个任务。


Q7:MegaBOLT使用什么算法进行比对?

采用Minimap2或BWA-MEM算法。


Q8:MegaBOLT使用什么算法进行变异检测?

MegaBOLT基于GATK 3.8 / GATK4.1版本的HaplotypeCaller进行优化加速,使用完全相同的算法,支持HaplotypeCaller的全部功能。以及DeepVariant变异检测算法。


Q9:MegaBOLT支持肿瘤分析吗?

MegaBOLT支持肿瘤/对照模式和单肿瘤模式,变异检测使用Mutect算法。


Q10:MegaBOLT机器噪音大吗?

在室内25℃条件下,MegaBOLT机器工作站版满载时,机箱表面噪音约为65db,适合存放于实验室,办公室等场景。


Q11:MegaBOLT工作站使用什么操作系统?

MegaBOLT升级V3.0前使用CentOS系统;MegaBOLT升级V3.0后从CentOS操作系统切换为Ubuntu操作系统,只支持使用Ubuntu系统。


Q12:MegaBOLT生信分析加速器是否包含大容量存储设备?

MegaBOLT生信分析加速器默认包含大容量存储设备,其中新版本(V3.0及以后)默认配备40TB的数据存储设备,而旧款(V3.0以前的版本)则默认配备30TB。


Q13:MegaBOLT临时计算存储大小能够分析多大数据量?

可以根据公式“SSD大小/7”来计算能高效分析的最大数据量。超过该最大值时,本设备也可以进行分析,只是速度变慢。例如:3.2TB SSD可分析450GB以内的数据。


Q14:运行MegaBOLT程序时,可以同时运行其他程序吗?

不建议,除非您充分知悉这么做带来的风险。运行MegaBOLT程序时会占用大部分硬件资源,若同时运行其他程序,可能会导致MegaBOLT程序分析任务失败,甚至导致本设备宕机。


Q15:未运行MegaBOLT程序时,可以运行其他应用程序吗?

不建议这样做。如果需要在不影响MegaBOLT程序运行的情况下运行其他应用程序,应该先经过MGI工程师的确认,确保这些应用程序是被支持的。


Q16:可以在MegaBOLT生信分析加速器的缓存硬盘下存储文件吗?

不建议,本设备运行时会产生大量中间文件,需要有充足的缓存硬盘空间。

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